Ja ir VID pārbaudes par PVN konkrētām summām darījumos, tad tas nevar aizturēt arī neapstrīdētā PVN atmaksu.
Uzņēmumam Čehijā administrācija atteica priekšnodokļa pārmaksas atmaksu par rapšu eļļas piegādēm uz Poliju, jo eļļas izcelsme ir Polija un Čehijā tai nebija veikta jebkāda pārstrāde. Čehijas uzņēmums nebija mierā ar to, ka apstrīdētie darījumi veidoja vien nelielu daļu no priekšnodokļa pārmaksas, bet administrācija uz tās veiktā audita laiku aizturēja visa priekšnodokļa atmaksu. Čehijas administrācija atbildēja, ka likums neļauj lemt tikai par daļu no pieprasītās pārmaksas. No lietas apstākļiem var noprast, ka šis VID audits vilkās ilgi, jo Čehijas VID veica informācijas pieprasījumu Polijas kolēģiem (un no viņiem atnāca atbilde, ka Polijas pircējs nav sasniedzams).
ES Tiesa apstiprināja, ka priekšnodokļa pārmaksu drīkst dalīt apstrīdētajā un neapstrīdētajā daļās. Tiesības uz priekšnodokļa atskaitīšanu rodas tajā pašā brīdī, kad preces pārdevējam (Čehijā, kas pārdeva šim Čehijas uzņēmumam) rodas tiesības iekasēt šo PVN. Tiesa atzina, ka šādas neapstrīdētās PVN pārmaksas daļas aizturēšana ir PVN neitralitātes principa pārkāpums. Interesanti, ka ES Tiesa atsaucās arī uz labas pārvaldības principu kā ES tiesību (pamat-principu) pārkāpumu. Tas ļauj apsvērt, vai mūsu pašu VID pārkāpumu gadījumā varētu būt iespēja vērsties arī ar sūdzību Eiropas komisijā vai caur nacionālo tiesu – arī ES Tiesā.
